Najsłynniejsza dolina i najdłużej budowana droga ostatnich lat
Najgłośniejszy konflikt związany z „Via Baltica” to planowana obwodnica Augustowa. Wg. projektu GDDKiA miała ona przebiegać przez Puszczę Augustowską i bagienną część doliny rzeki Rospudy. Jest to zarówno obszar specjalnej ochrony ptaków powołany na mocy Dyrektywy Ptasiej, jak i specjalny obszar ochrony siedlisk wyznaczony w oparciu o Dyrektywę Siedliskową. O unikalności torfowisk w tej dolinie świadczą liczne dane naukowe i opinie autorytetów w wielu dziedzinach nauk przyrodniczych. Wyjątkowa wartość przyrodnicza tych torfowisk wynika przede wszystkim z rozległości doliny oraz niezaburzonych stosunków wodnych. Warunkuje to istnienie unikatowych siedlisk oraz związanych z nimi gatunków roślin i zwierząt. W pasie po 1 km w obie strony od planowanej drogi ekspresowej prawie 60% powierzchni zajmują siedliska przyrodnicze chronione Dyrektywą Siedliskową, w tym ponad 37% to siedliska priorytetowe. Zlokalizowanych jest tu 98 rewirów 23 gatunków ptaków chronionych Dyrektywą Ptasią – w tym bielika i orlika krzykliwego oraz stanowiska 2 gatunków roślin z Dyrektywy Siedliskowej. Otaczające dolinę lasy Puszczy Augustowskiej również obfitują w chronione siedliska np. grądy i łęgi. Miejscami zachowały się tu ponad 130-letnie drzewostany. Występują tu rzadkie gatunki ssaków jak choćby wilk czy wydra. Wyjątkowa wartość przyrodnicza tego terenu jest niekwestionowana przez znawców tematu.
Alternatywną trasę obwodnicy Augustowa omijającą bagienną część doliny Rospudy i stanowiącą podręcznikowy przykład kompromisu pomiędzy wymogami rozwoju infrastruktury a wymogami ochrony przyrody opracowało w 2006 r. stowarzyszenie SISKOM. Atutem tego rozwiązania jest także połączenie obwodnicy Augustowa z obwodnicą Suwałk. Straty przyrodnicze związane z realizacją tego wariantu są bez porównania mniejsze. Tak twierdzą m.in.:
Państwowa Rada Ochrony Przyrody, Wydział Nauk Biologicznych PAN, Komitet Ochrony Przyrody PAN, Rada Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego oraz wielu innych uczelni krajowych.
W 2007 r. polskie sądy uchylały po kolej decyzje administracyjne wydane dla obwodnicy wg. projektu GDDKiA. W końcu całkowicie wstrzymano budowę w granicach obszaru Natura 2000.
Na początku 2008 r. przedstawiciele GDDKiA, organizacji pozarządowych oraz samorządów lokalnych, w obecności inicjatorów spotkania: Ministra Środowiska i Ministra Infrastruktury, zasiadły przy „okrągłym stole”, aby znaleźć rozwiązanie problemu jaki narósł wokół obwodnicy Augustowa. Zdecydowano, że zostanie przeprowadzona nowa, zgodna z prawem polskim i europejskim ocena oddziaływania na środowisko i na jej bazie zostanie wybrana trasa obwodnicy. Analizie zostaną poddane trzy przebiegi: wg. GDDKiA, wg. SISKOM oraz trzeci całkowicie poza obszarem Natura 2000. Niestety opieszałość urzędników i strategia działania GDDKiA niezgodna z ustaleniami „okrągłego stołu” wskazują na brak woli przygotowania tej obwodnicy zgodnie z prawem i doprowadzenia do szybkiego oddania jej do użytku w takiej lokalizacji, na jaką zezwalają przepisy. Przedmiotem sporu nie jest tu różnica opinii pomiędzy GDDKiA a obrońcami przyrody, lecz zgodność inwestycji z prawem Unii Europejskiej.