Rozbudowa istniejących dróg lub budowa całkiem nowych dróg ekspresowych powoduje znaczący wzrost natężenia ruchu. Taki ruch na odcinkach dróg przecinających ostoje Natura 2000 będzie powodował szeroki zakres negatywnych oddziaływań na występujące tu populacje zwierząt i siedliska. Są to między innymi:

• w zakresie oddziaływania na gatunki i populacje zwierząt:

×     zwiększona śmiertelność w wyniku zderzeń z samochodami i wysokimi konstrukcjami (mosty);

×     zmniejszone zagęszczenie w pobliżu dróg w wyniku zaburzeń obniżających jakoś siedlisk (hałas, wrażenia wzrokowe związane z drogą i obecnością ludzi, zanieczyszczenia);

×     zaburzone zachowania zwierząt związane ze zmianami ich aktywności i przestrzennego rozmieszczenia, spowodowanymi podwyższonym stresem;

×     fragmentacja populacji - na skutek barierowego oddziaływania dróg mogą wymierać lokalne, izolowane populacje. Drogi o dużym natężeniu ruchu, wraz z podwyższoną śmiertelnością i strefą unikaną przez zwierzęta poważnie zakłócają przemieszczanie się zwierząt (dyspersję i migracje) i zasobów genowych pomiędzy obu stronami drogi.

×     Zmiany w składzie zbiorowisk kręgowców w pobliżu dróg, np:

-       im bliżej drogi tym mniej dużych ptaków, głównie drapieżników, które są bardziej wrażliwe na zakłócenia i fragmentację siedlisk niż mniejsze ptaki,

-       im bliżej drogi tym mniej małych kręgowców (gryzonie, płazy), gdyż częściej giną one pod kołami i są główną zdobyczą innych drapieżników,

-       wzdłuż dróg łatwiej rozprzestrzeniają się patogeny i inne choroby, jak również obce gatunki,

-       im bliżej drogi tym więcej oportunistycznych, padlinożernych zwierząt (lis, kruk) poszukujących na poboczach pożywienia w postaci ofiar zderzeń z samochodami i zwiększających presję drapieżnictwa w tej okolicy.

• w zakresie oddziaływania na siedliska:

×     poważne i daleko idące zmiany w siedliskach wodnych i bagiennych powodowane są przez zaburzenia zasilania i sedymentacji w lokalnych zlewniach oraz mechaniczne niszczenie siedlisk. Efekty te dodatkowo wzmagają się na skutek zanieczyszczenia chemicznego i oddziaływanie światła (wzmożone lub ograniczone);

×     znaczące straty efektywnych siedlisk w skutek: bezpośredniego ich niszczenia, spadku jakości, unikania drogi lub zmniejszonego wykorzystania siedlisk w jej pobliżu.