Monitoring przyrodniczy jest integralnym elementem każdego projektu zakładającego działania czynnej ochrony przyrody. Pozwala on bowiem na sprawdzenie aktualnego stanu siedlisk i populacji wybranych gatunków. Umożliwia określenie wpływu jaki wywierają prowadzone działania ochronne. Dzięki prowadzonemu monitoringowi możemy na bieżąco weryfikować metodykę poszczególnych prac (np. intensywność wypasu, termin koszenia), oraz miarę konieczności szybko reagować w przypadku zaobserwowania niekorzystnego wpływu działań na siedliska czy populację ptaków.

W chwili obecnej prowadzony jest monitoring botaniczny, którego głównym celem jest ocena wpływu prowadzonych prze OTOP zabiegów ochronnych na stan siedlisk i występowanie cennych gatunków roślin. Dzięki prowadzonemu monitoringowi m.in. stwierdzono po kilkunastu latach występowanie tłustosza pospolitego (rzadkiego gatunku storczyka) w rezerwacie. Zobacz wyniki inwentaryzacji.

Monitoring ornitologiczny koncentruje się na ocenie populacji lęgowej ptaków wodno-błotnych. Dzięki niemu wiemy jakie gatunki występują w rezerwacie i możemy kształtować siedliska zgodnie z ich wymaganiami. Efektem wymiernym monitoringu jest stwierdzenie drapieżnictwa gniazdowego, jako jednego z kluczowych czynników warunkujących rozwój populacji lęgowych ptaków. Zobacz wyniki inwentaryzacji.

Posiadana wiedza pozwala rozszerzyć zabiegi ochronne na Bece o dodatkowe działania, ponieważ do chwili obecnej koncentrowaliśmy się przede wszystkim na przywróceniu rezerwatowi charakteru podmokłych łąk i pastwisk.