Celem strategicznym OTOP są działania na rzecz wzrostu liczebności lub utrzymania w stanie nie pogorszonym populacji wszystkich polskich dziko żyjących gatunków ptaków.

Szczególną uwagę OTOP poświęci – także we współpracy z innymi organizacjami i instytucjami – następującym gatunkom:

I.Gatunki zagrożone globalnie, których znaczna część populacji skoncentrowana jest w Europie

Zagrożone globalnie
1. Wodniczka Acrocephalus paludicola
2. Orlik grubodzioby Aquila clanga
3. Gęś mała Anser erythropus

Narażone na wyginięcie w skali globalnej
1. Podgorzałka Aythya nyroca
2. Derkacz Crex crex
3. Dubelt Gallinago media
4. Rycyk Limosa limosa

II. Gatunki o wysokich kategoriach zagrożenia w Polsce

CR - Gatunki skrajnie (krytycznie) zagrożone
            1. Rybitwa czubata Sterna sandvicensis

EN Gatunki silnie zagrożone
            1. Cietrzew Tetrao tetrix
         2. Biegus zmienny Calidris alpina

VU Gatunki wysokiego ryzyka (narażone)
            1. Bączek Ixobrychus minutus
         2. Sieweczka obrożna Charadrius  hiaticula
         3. Dzięcioł trójpalczasty Picoides tridactilus

NT Gatunki niższego ryzyka (bliskie zagrożenia)
            1. Rybitwa białoczelna Sterna albifrons
         2. Rybitwa białoskrzydła Chlidonias leucopterus
         3. Dzięcioł białogrzbiety Dendrocopus  leucotos

III. Gatunki ważne dla OTOP w związku wysokim znaczeniem i zagrożeniem w skali Europy

1.   Bielik Haliaeetus albicilla
2.   Bocian biały Ciconia ciconia
3.   Bocian czarny Ciconia nigra
4.   Głowienka Aythya ferina
5.   Kania ruda Milvus milvus
6.   Orlik krzykliwy Aquila pomarina
7.   Żuraw Grus grus
8.   Kulik wielki Numenius arquata
9.   Batalion Philomachus pugnax
10. Krwawodziób Tringa totanus
11. Czajka Vanellus vanellus
12. Mewa pospolita Larus canus
13. Lelek Caprimulgus europaeus
14. Kraska Coracias garrulus
15. Dzięcioł zielony Picus viridis
16. Dzierzba czarnoczelna Lanius minor
17. Dzierzba rudogłowa Lanius senator
18. Lerka Lullula arborea
19. Pleszka Phoenicurus phoenicurus
20. Sikora czubatka Parus cristatus
21. Świstunka Phylloscopus sibilatrix
22. Makolągwa Carduelis cannabina
23. Potrzeszcz Miliaria calandra
24. Ortolan Emberiza hortulana